Zerstörungsfreie Messungen von im Boden verborgenen Strukturen spielen in der Archäologie im Allgemeinen und auch bei den Forschungen des NIhK eine große Rolle. Doch häufig ist es zu nass oder die landwirtschaftliche Nutzung lässt keinen Zutritt oder ein Befahren der zu untersuchenden Flächen zu. In solchen Fällen bietet sich die Prospektion aus der Luft mit Hilfe von Drohnen an; sie ermöglichen es aus der Vogelperspektive und vollkommen zerstörungsfrei, Informationen über archäologische Strukturen und Befunde aber auch über Landschaftselemente zu gewinnen. Seit kurzen verfügt auch das NIhK über eine Multispektraldrohne. Mit diesem Fluggerät können außer hochauflösenden Farbaufnahmen auch Fotos in engen Spektralbereichen (Rot, Grün, Nahinfrarot und Infrarot) gemacht werden. Die auf diese Weise gewonnenen Daten können im Anschluss prozessiert und hochauflösende Informationen zu den Wachstumsbedingungen der in den dokumentierten Flächen wachsenden Pflanzen gewonnen werden. Da im Untergrund befindliche Siedlungsspuren wie Mauern, Gräben, Gruben oder Pflasterungen, die Versorgung der Pflanzen mit Nährstoffen und Wasser in hohem Maße prägen, kann die Kartierung des jeweiligen Wachstums der Pflanzen wichtige Hinweise für die Siedlungsforschung erbringen. Auf verschiedenen Fundstellen – im Bereich des ostfriesischen Klosters Ihlow, eines römisch-kaiserzeitlichen Priels in der Stader Marsch und eines mittelalterlichen Burgwalls auf der nordfriesischen Insel Föhr – hat das System bereits gezeigt, dass es ganz ähnlich wie geomagnetische Messungen, zahlreiche Daten über im Untergrund befindliche Strukturen erbringen kann.